Zotero ofrece una serie de complementos o plugin, que son funcionalidades adicionales que se incorporan a la herramienta para optimizar su funcionamiento.
Son creados por el mismo programa principal de Zotero o también con la colaboración de desarrolladores independientes ya que es un software libre de código abierto.
Considerar que, en la versión 7 de Zotero, los complementos utilizados en le versión 6 no son compatibles, para ello se recomienda eliminarlas y buscar versiones recientes compatibles con la versión 7.
En la sección Zotero plugin se muestra como es la ubicación y descarga de complementos o plugin en general desde la página de Zotero, adicionalmente se muestra ejemplos de plugin compatibles con Zotero 7 relacionados con la lectura de PDF.